SD Muhammadiyah Pajangan 2 berdiri pada tahun 1968, merupakan pemecahan dari SD Muhammadiyah Pajangan dengan SK No. 3014/L.1992/DIY.68/77, dengan Kepala Sekolah pertama kali Bapak Ahmad Sudarto (1968-1990), Bapak Suyudi Hadi Pranoto (1990-1993), Bapak Djuremi Purnomo, BA (1993-1995), Bapak Sugiyatono, A. Ma. Pd (1995 – 2008) dan Bapak Suwardi, S.Pd.I (2008 - sekarang).
Dalam perjalanan waktu, SD Muhammadiyah Pajangan 2 mengalami perkembangan yang mengarah pada kemajuan. Hal ini terbukti setelah terbentuknya Dewan Sekolah (Komite Sekolah) pada tahun 2003 berbagai upaya telah dirancang dan dilaksanakan. Salah satu program yang sangat urgen dan mendasar sehingga membawa dampak kemajuan adalah peristiwa Pencanangan SD Muhammadiyah Pajangan 2 menjadi “SD Terpadu” oleh Bapak Bupati Sleman Bapak Drs. H. Ibnu Subiyanto, SE, Akt bertepatan dengan tanggal 23 Maret 2003.
“SD Muhammadiyah Pajangan 2 Terpadu” inilah yang membawa banyak perubahan di dalam masyarakat. Hal itu terbukti dengan animo masyarakat yang sangat besar untuk mendaftarkan putra-putrinya ke SD sehingga kelas yang biasanya berisi sekitar 40 siswa menjadi sekitar 75 siswa (2 kelas).
Perubahan yang signifikan ini bukan suatu yang mudah untuk dihadapi untuk masa yang akan datang. Persaingan antar SD dan berhasilnya program KB Nasional mendorong aparat sekolah untuk berpikir keras mencari peluang terobosan ke depan. Anatar lain dengan berhasilnya merancang suatu “Rencana Strategis (RENSTRA)” kerjasama SD dengan Lembaga Pengabdian Masyarakat Universita Muhammadiyah Yogyakarta (UMY). Yang nantinya akan menjadi acuan pijakan dalam melangkah menuju sekolah unggulan di lingkungan kecamatan Berbah khusunya dan Wilayah Sleman pada umumnya.
